Po zakończeniu wojny i wkroczeniu sił KFOR do Kosowa w czerwcu 1999 r., nastąpił kolejny exodus ludności cywilnej, tym razem ludności niealbańskiej, tj. Serbów, Czarnogórców, Romów, Gorańców i innych. Serbowie stanowili przeważającą większość, ponieważ, znając cierpienie, które Albańczycy doświadczali przez dwa miesiące, teraz zaczęli obawiać się zemsty i opuszczali Kosowo pod ochroną swoich własnych wojsk. W ciągu zaledwie dwóch miesięcy z Kosowa wyjechało około 164 tysięcy Serbów i Romów. Albańczycy uważali, że kolaborowali oni z Serbami i byli zagrożeniem.
Partyzanci z UÇK prowadzili politykę terroru wobec Serbów i członków innych wspólnot etnicznych, którzy zdecydowali się pozostać w Kosowie. Zgodnie z raportem międzynarodowej organizacji zajmującej się prawami człowieka, Human Rights Watch, partyzanci ci nachodzili ludzi i albo siłą zmuszali ich do opuszczenia swoich domów (np. poprzez podpalenie ich), albo poddawali ich ciągłej presji psychicznej.
Organizacje takie jak Human Rights oraz inne działające w Kosowie, oskarżały Misję Organizacji Narodów Zjednoczonych w Kosowie (UNMIK) oraz KFOR o brak skuteczności w przestrzeganiu porządku publicznego i bezpieczeństwa, do którego zostały powołane. UNMIK, według raportu, nie miała pomysłu jak poradzić sobie z tym problemem. Organizacja ta zwracała również uwagę na dowództwo UÇK, którego podwładni albo zachowują neutralność w przypadkach naruszania prawa albo biorą w nich czynny udział, a nawet są ich inicjatorami.
UÇK, dążąc do celu stworzenia Wielkiej Albanii, nie zawahało się poświęcić niewinnych Albańczyków w swoich działaniach. Po usunięciu nie-Albańczyków z Kosowa, UÇK rozszerzyło swoje działania poza granicami prowincji, stosując znane już taktyki. W lutym – marcu 2000 r. pojawiły się oddziały albańskie z insygniami UC PBM, co oznaczało „Wyzwoleńczą Armię Preševa, Bujanovaca i Medvedji”. W tych trzech miastach Serbii mieszka około 100 tysięcy Albańczyków.
W marcu 2000 r. rząd Federacyjnej Republiki Jugosławii przedstawił Radzie Bezpieczeństwa NZ specjalne Memorandum, opisujące sytuację w Kosowie w okresie od 12 czerwca 1999 r. do 27 lutego 2000 r. Warto zauważyć, że punkt widzenia przedstawiony przez Serbów, po prześledzeniu innych źródeł informacji (takich jak raporty KFOR, UNMIK i głównych organizacji humanitarnych), ogólnie pokrywał się z faktami.
Według memorandum rządu FRJ, sytuacja na terenie Kosowa i Metochii po wkroczeniu tam sił KFOR i UNMIK była szczególnie poważna, zwłaszcza w rejonie Kosovskiej Mitrovicy. Według danych przedstawionych przez rząd, rabunkowo spalono 2365 domów należących do Serbów, Czarnogórców i innych nie-albańskich narodowości, z czego 1200 znajdowało się w Kosovskiej Mitrovicy, 1060 w Vučitrn i 105 w Srbicy. Ponadto, 700 rodzin serbskich zostało zmuszonych do opuszczenia swoich mieszkań. Wiele firm prywatnych, spółdzielni, przedsiębiorstw państwowych, szkół, budynków publicznych, banków, domów towarowych i innych instytucji padło ofiarą rabunku, zniszczeń i grabieży.
UÇK prowadziło więzienia dla uprowadzonych Serbów, a osoby te były przetrzymywane w obozach pracy we wsi Matičene, rejonie Prizrenu oraz w Drenicy. Siły KFOR i UNMIK aresztowały 185 Serbów bez wyjaśnienia przyczyn, tylko na podstawie informacji dostarczonych przez Albańczyków, zwykle członków UÇK. Władze FRJ odnotowały liczne ataki, prześladowania i przemoc fizyczną wobec swoich obywateli, a także zajęcie siłą domów i mieszkań. Ponad 270 tys. Serbów i 80 tys. osób innych narodowości nie-albańskiej zostało wyrzuconych z Kosowa i Metochii, a wiele miejscowości zostało wyczyszczonych etnicznie z nie-albańskich mieszkańców.
Podpalono lub zniszczono 84 cerkwie, monastyry i pomniki kultury, a ich własność została zagrabiona lub poważnie uszkodzona. UÇK przejęło także zakłady użyteczności publicznej, pocztę, banki, stacje benzynowe, zakłady opieki zdrowotnej, szkoły i administrację miejscową. Represje nasiliły się wobec Muzułmanów, lojalnych obywateli FRJ, przez UÇK.
Wiele wsi doznało zbrojnych ataków przez UÇK, a wszystkie domy serbskie w 7 wsiach gmin Gnjilane i Kosovska Kamenica zostały podpalone i zniszczone. Rząd FRJ oskarżył także KFOR o stosowanie aktów terroru wobec ludności serbskiej i innych narodowości nie-albańskich.
Rys.4. Mapa Kosowa uwzględniająca serbskie i albańskie nazwy największych miast i miejscowości
Źródło: HCIC Map Center
Serbski Kościół Prawosławny opublikował dwukrotnie informacje na temat szkód wyrządzonych na obiektach sakralnych w Kosowie. Według M. D. Lukovicia, w okresie od czerwca do października 1999 r., uszkodzono i obrabowano 76 cerkwi i monasterów, spalono 64 z nich, a 44 zostały zaminowane.